为规范医疗行为，医院建立建全各项规章制度：
1、门诊病人收治入院的有关制度；
2、医疗差错事故登记报告处理制度；
3、查对制度；
4、手术制度；
5、临床药物观察的若干规定；
6、请示制度；
7、查房制度；
8、病案讨论制度；
9、医嘱制度；
10、值班与交班制度；
11、门诊急诊工作的有关规定；
12、门诊工作制度；
13、处分制度；
14、会诊制度；
15、诊断书使用的有关规定；
16、转院转科制度；
17、开展新技术新项目的若干规定；
18、各种化验及检查报告单管理规定；
19、病历书写制度；
20、门诊诊疗手册书写的若干规定；
21、临床科室用血的若干问题的规定；
22、仪器设备使用、保管制度；
23、进修人员守则。
　　一九九二年初全国开展了三级甲等医院评审，为创建“三甲”医院，哈医大二院特成立了“三甲办公室”，进一步完善《医院医疗工作制度》，狠抓医疗质量，将医院事故差错率降为了零。同年9月顺利通过“三甲”评审（省内首家），标志着我院进入了全国先进行列。
　　继“三甲”评审后，医院将管理目标推向更高层，在完善医院医疗质量基础上，又向国际标准化迈进。在2000年率先在全国通过ISO9002标准化认证，成为全国仅有的几家达到国际标准化水平医院。
　　2000年3月医院完善“三联处方”制及单病种限价制，做到收费公开、透明化。
　　为适应国际形式，与国际接轨，医院实行了责任医师聘任制。将以往科主任负责制、三级医生查房制度，按科室床位数、人员比例，改革为责任医师聘任制，提高了医院管理水准，制定了责任医师聘任制及管理办法。

1976年获国务院嘉奖令；

1979年被国务院授予“全国先进单位”；

1983年被卫生部授予“全国卫生文明先进集体”；

1992年被卫生部、国家劳动人事部授予“全国卫生系统先进集体”；

1994年至今连续保持“省级文明医院”称号；

1997年被中宣部、卫生部等十家单位评为全国“三下乡先进集体”；

1997年被评为黑龙江省教育系统党风廉政建设先进集体；

1999年被卫生部评为“全国百佳医院”；

2000年被卫生部授予“全国卫生系统先进集体”；

2003年抗“非典”期间，由于医疗工作安排管理得当，院内无交叉感染，获卫生部、省政府表彰；

2003年获国家“三下乡”先进单位称号；

全省禁烟先进单位称号。