哈医大二院眼科建立于1954年。在几代知名眼科专家景崇德教授、汪宝麟教授、吕世荣教授、原慧萍教授等的先后带领下，哈医大二院眼科成为全国知名的眼科中心之一，是黑龙江省级重点学科，2009年获批卫生部医师规范化培训基地，2012年获批国家临床重点专科建设项目，2017年青光眼专科获院重点建设的一流专科，2018年牵头成立东北四省青光眼联盟，2020年获批国家眼部疾病临床医学研究中心黑龙江省分中心，同年牵头成立黑龙江省眼底病联盟， 2022获批糖尿病视网膜病变临床及研究中心。
今天的哈医大二院眼科专家队伍力量雄厚，在眼科主任、学科带头人、教研室主任孙大卫教授的带领下，医疗、教学、科研及学术水平续写辉煌。医疗团队中有34名教师，其中教授16位、副教授8位；博士研究生导师10位，19位硕士研究生导师。负责普通本科、临床5+3、研究生、留学生的理论与临床教学工作。哈医大二院眼科临床工作涵盖十个个亚专科，包括青光眼、眼底病、白内障、角膜及眼表病、眼整形与眼眶病、眼外伤、斜视与小儿眼病、葡萄膜炎、眼视光、医学验光。
眼科包括：眼科门诊、眼科病房、眼科中心手术室、眼科屈光中心、眼科影像诊疗中心、玻璃体腔注药中心、眼科假体中心等七个部门。眼科技术部门齐全，专业设备完善。2020-2022连续三年在《复旦大学医院排行榜全国专科声誉排行榜》的眼科专科中受提名医院（全国前20名），是东北地区唯一的提名医院，其中2021和2022年东北地区眼科专业排名第一。
眼科一病房现有二级教授1名、教授5名，博士生导师3名、硕士生导师4名；享受国务院特贴1名，省高端人才C类1名、D类2名，龙江名医2名，哈医大星联杰出教授1名；主持国家自然科学基金9项，省重点研发和重点项目3项；获省政府科技进步一等奖1项（我省零的突破），二等奖4项，SCI文章52篇。主编或副主编全国统编规划教材3部、全国眼科教学查房大赛获年度第一名。
青光眼专科为院一流专科，是全国青光眼学组委员、中国女医师和微循环专委会青光眼学组副组长和东北四省区青光眼专科联盟主席单位；为东北地区青光眼规范化诊治培训基地；建立了青光眼早期防治的北方区域模式，为亚太眼流行病协作组成员单位。开展了多种微创青光眼和联合手术，提出根据房角关闭机制等个性化治疗理念；建立了随访档案，实现了全程管理，有效保护了患者视功能。
白内障专科率先开展微小切口超声乳化白内障手术及功能型人工晶体植入的屈光白内障手术。斜视与小儿眼病专业为省斜视与小儿眼病学组组长单位，开展各种疑难及复杂斜视的微创手术治疗，达到并发症少，正位率高的疗效。
眼眶眼整形亚专科开展了内窥镜下微创眼眶和视神经管减压手术，内窥镜下辅助眼眶深部肿瘤摘除手术，实现对甲状腺相关眼病、鼻颅眶相关肿瘤等复杂疾病的多学科协同诊治。对泪器疾病微创治疗的常规化操作和眼睑整形也具特色。
