许多克罗恩病患者虽然是因为腹痛、腹泻来就诊的，但是，克罗恩病却不是一个只损害肠道的疾病，从口腔到肛门的任意部位，甚至在消化道之外的器官都有可能受到累及。而且，对于克罗恩病患者来说，没有哪一种检查能够一锤定音、确诊克罗恩病，连病理细胞学检查都不能。
都说病理检查是金标准，为什么病理检查并不能确诊克罗恩病？
诚然，对于很多疾病来说，病理检查是诊断的金标准，具有确诊价值，但它一般只能给克罗恩病提供排除其他疾病的依据。d但这并不代表病理检查对克罗恩病的检查没用。能够排除一些肿瘤性的病变以及感染性疾病，对于克罗恩病的诊断和治疗仍有重要的指导作用。
克罗恩病的诊断是具有挑战性的。单靠哪一种检查或哪个部位的检查来诊断克罗恩病无异于盲人摸象。所以才需要结合血液检查、大小便检查、内镜和病理检查以及影像学检查（B超、CT、磁共振等）才能做出诊断。每项检查都有自己独特的岗位，只有结合全面的检查、化验结果综合判断，并排除其他疾病，才能诊断克罗恩病。而有时，初诊克罗恩病之后，还需要长期的随访观察才能够确诊。
