哈尔滨医科大学附属第二医院呼吸科成立于1962年，1985年在卫生厅批准下成立省内唯一一家呼吸病研究所。首届主任倪子俞教授。学科设有呼吸科门诊、哮喘门诊，慢阻肺门诊，肺癌门诊，戒烟门诊和3个病房，每个病房现有病床84张，共252张床位；拥有两个肺功能室、呼吸腔镜中心；现有36名医生（返聘2人）、护士有61人。

科室拥有省内最大肺功能室和强大的呼吸腔镜介入中心，综合实力省内第一。是黑龙江省呼吸疾病质量控制中心、黑龙江省呼吸专科医联体牵头单位、黑龙江省肺癌联盟牵头单位、国家呼吸临床研究中心核心单位、中国罕见病联盟呼吸病学分会成员单位。中国肺癌联盟哈医大二院肺结节诊治分中心，利用最先进的Myrian软件对肺小结节进行分析、随访，发现早期肺癌，提高肺癌治愈率。科室不断开展新技术，在省内率先开展经皮或者经支气管镜肺活检、EBUS-TBNA、内科胸腔镜、支气管热成形术治疗难治性哮喘、气道狭窄球囊扩张术、气道肿瘤冷冻和氩气刀热消融、气道支架置入、冷冻肺活检、各种导航技术联合小探头超声或C臂诊治肺小结节，硬镜下治疗，为呼吸科疑难危重症的诊治提供了有力保证。因此科室除对常见病、多发病如哮喘、慢性阻塞性肺疾病、肺炎、肺栓塞、肺部肿瘤、急慢性呼吸衰竭均有完整的诊疗规范。对疑难疾病如间质性肺疾病、难治性哮喘、复杂气道疾病、不明原因胸腔积液、肺深部真菌感染及各种罕见肺炎、肺血管炎等均有丰富的临床诊治经验。

呼吸科年门诊量大约在5.4万人次左右，年收住院患者约8122人次左右，疾病种类涵盖呼吸系统各种常见、疑难和危重症疾病，住院外地患者比例高达50%以上。为保证门诊质量，常规门诊由本科副主任医师以上出诊，包括全日制门诊、周末门诊和节假日门诊，另设有戒烟门诊。